Основные персонажи «Эпидемии» — военные врачи, вынужденные лавировать между воинским долгом и клятвой Гиппократа. Герой Дастина Хоффмана Сэм Дэниэлс — блестящий вирусолог, однако он постоянно норовит выйти из подчинения своего непосредственного начальника Билли Форда. Некоторая недоговоренность сценария относительно прошлого Дэниэлса отлично компенсируется за счет психологически точной игры Дастина Хоффмана. Его персонаж не только свою врачебную специальность, но и военную практику воспринимает как службу людям. Он не желает учитывать соображения секретности или же изменчивую политику, ибо главное для него — победить болезнь.
Но высшее военное командование — поголовно политики. Для них люди — не более чем сопутствующие потери, а тайное биологическое оружие — их козырь в подковерной борьбе. Прав не тот, кто живет по офицерскому уставу. Кодексом можно пренебречь, если скрыть от политиков в Вашингтоне информацию о вакцине. Ведь иначе придется признавать, что красивые отчеты, которые они столько лет писали «наверх», на самом деле не имеют ничего общего с реальностью. Вирус Мотаба невозможно контролировать, а значит секретная программа его использования в военных целях будет свернута. Армейским чинам наплевать, что вирус способен мутировать, и их вакцина со временем становится столь же бесполезной, как апельсиновый сок, с которым антивирус сравнивает майор Солт, вирусолог из команды Дэниэлса.
Бездушие и цинизм военной машины, для которой люди лишь расходный материал в большой политической игре, режиссер прекрасно воплотил в образе генерал-майора Дональда МакКлинтока, с блеском сыгранного опытным Дональдом Сазерлендом. Персонаж Сазерленда начисто лишен эмоций. Его не трогает массовая гибель жителей города от санкционированной им бомбардировки Седар Крик. С подчиненными он разговаривает надменно, поджав тонкие губы, и разве что в общении со старым товарищем Билли Фордом в его голосе появляется хоть какая-то теплота. В отличие от Сэма Дэниэлса, генерал МакКлинток выше человеческих жизней ставит интересы страны, которые он понимает весьма своеобразно. Для него они состоят в том, чтобы скрыть свою ответственность за эпидемию вируса Мотаба в США. Ради того, чтобы сохранить в тайне биологическое оружие, произведенное на основе этого вируса, МакКлинток готов обмануть даже президента, добившись разрешения на бомбардировку мирного американского города.
Вольфганг Петерсен, конечно, не обличает американскую армию. Режиссер, родившийся в семье морского офицера, затрагивает в «Эпидемии» сложную и больную тему интересов государства, которые порой не только не сочетаются, но и прямо противоречат интересам граждан. Сделав основных персонажей одновременно военными и врачами, Петерсен усилил проблему морального выбора. Особенно драматична ситуация начальника Дэниэлса генерала Билли Форда (в его роли всегда убедительный Морган Фриман). Как и МакКлинток, он лично участвовал в создании биологического оружия на основе вируса Мотаба и так же, как его товарищ, не хочет, чтобы их разработка стала достоянием гласности.