Интересно, что прямая переработка андерсеновской сказки — не единственная отсылка к мировой культуре в мультфильме. Следующее по узнаваемости культурное заимствование — это «Полет валькирий» из оперы «Валькирия» немецкого композитора Рихарда Вагнера. Музыка звучит, когда Поньо в обличии девочки мчится по волнам за Сосукэ и его матерью, пытающимся скрыться от наводнения на машине. Волны-рыбы напоминают гравюру Кацусико Хокусая «Большая волна в Канагаве», а музыка перекликается и с первым именем Поньо — Брунгильда, как валькирия, и с ее любовью к человеку Зигфриду. Образ морской богини Гранмамарэ, матери Поньо, также отсылает к традициям европейской живописи, как и ее скандинавское имя. Тема воды, ранее появлявшаяся в мультфильмах Миядзаки на второстепенном плане — затопленная железная дорога после сильного дождя в «Унесенных призраками», морской городок в «Ведьминой службе доставки», исцеляющая река в «Принцессе Мононоке» — в «Рыбке Поньо» разливается с полной силой — в прямом и переносном смысле. Морской мотив не только развивается за все творчество Миядзаки вместе взятое, но и выполняет просветительскую задачу. «Рыбка Поньо» — это океанография, геология и метеорология в миниатюре и для самых маленьких, потому что Фудзимото рассказывает о том, какой прежде была Земля, когда материки располагались и назывались по-другому, большая часть нынешней суши была покрыта водой, в которой плавали огромные и причудливые рыбы, уже ныне не существующие.
И, наконец, «Рыбка Поньо» доносит до всех, независимо от возраста, зрителей важную идею, которую далеко не многие взрослые принимают и понимают. В сказке Андерсена принц так и не узнает истинную сущность своего «немого найденыша», тогда как с Сосукэ Гранмамарэ обсуждает это серьезно и напрямую спрашивает: готов ли мальчик любить Поньо даже тогда, когда она в обличии нингё плавает в ведре. Мультфильм, в отличие от первоисточника и диснеевской версии, поднимает тему принятия и любви людей такими, какие они есть, а также осознания жертв, которые приносятся ради любимых.