В своей интерпретации основанного на популярной легенде сюжета известный страстью к документальному кино постановщик активно использовал натурные съёмки. Впечатляющие сцены (особенно выделяются вступительный и финальный эпизоды, демонстрирующие спуск путешественников вместе с лошадьми по крутому шестисотметровому обрыву и плывущий по царственной Амазонке полуразбитый плот), интересные музыкальные решения (саундтрек фильма записала немецкая краут-рок-группа Popol Vuh) и впечатляющая игра Кински, испепеляющего своих экранных противников одним лишь взглядом, сделали из картины печальную повесть об одержимости идеалом, в которой между строк заложены размышления о жизни и смерти.
На съёмочной площадке известный своей экспрессией кинематографист заставлял актёров подвергаться тяжёлым испытаниям: плавать по Амазонке на самодельном, дышащем на ладан плоту, жарясь под палящим солнцем, совершать многокилометровые марш-броски, бороться с постоянными атаками москитов. Но ни изматывающие трудовые будни вне студийных павильонов, ни часто случавшиеся перепалки – однажды между Херцогом и Кински произошла ссора, в результате которой постановщик угрожал своей главной звезде самым настоящим пистолетом – не остановили работу.
Вследствие такого подхода режиссёра персонажи оказались неотличимы от реально существовавших людей, а философские смыслы, которыми наполнил фильм автор, оказались настолько сильными, что, например, Фрэнсис Форд Коппола назвал «Агирре, гнев божий» главным источником вдохновения для картины «Апокалипсис сегодня». Личность полковника Уолтера Куртца во многом основана на характере главного персонажа из постановки Херцога.